黨的十九屆三中全會通過的《中共中央關于深化黨和國家機構改革的決定》（以下簡稱《決定》）提出，“強化黨的組織在同級組織中的領導地位”。這一要求貫徹了黨章規定，是深化黨和國家機構改革的重要內容，是堅持和加強黨的全面領導的重要保證。
強化黨的組織在同級組織中的領導地位，是確保黨的領導全覆蓋、確保黨的領導更加堅強有力的必然要求。中國共產黨領導是中國特色社會主義最本質的特征，是中國特色社會主義制度的最大優勢。黨政軍民學，東西南北中，黨是領導一切的。習近平同志深刻指出：“我國社會主義政治制度優越性的一個突出特點是黨總攬全局、協調各方的領導核心作用，形象地說是‘眾星捧月’，這個‘月’就是中國共產黨。”習近平同志還指出，“國家治理體系是由眾多子系統構成的復雜系統，這個系統的核心是中國共產黨”。深化黨和國家機構改革，首要任務就是完善堅持黨的全面領導的制度，為加強黨對各領域各方面工作的領導、推進國家治理體系和治理能力現代化提供有力保障。堅持黨的全面領導，最根本的是堅持黨中央權威和集中統一領導。在國家治理體系的大棋局中，黨中央是坐鎮中軍帳的“帥”，車馬炮各展其長，一盤棋大局分明。沒有黨中央權威和集中統一領導，就會出現群龍無首、各自為政、一盤散沙的局面。同時，堅持黨的全面領導，也必須強化各級黨組織在同級組織中的領導地位。黨的全面領導是全覆蓋、全貫穿的，要靠一級一級黨組織來實現，沒有各級黨組織堅強有力的領導，黨中央的集中統一領導就會淪為空話，黨就會變成基礎不牢、支撐無力的“泥足巨人”。黨的十八大以來，以習近平同志為核心的黨中央堅定不移推進全面從嚴治黨，堅決改變管黨治黨寬松軟狀況，使黨的領導和黨的建設得到全面加強，為黨和國家各項事業取得歷史性成就、發生歷史性變革提供了堅強政治保證。但也要清醒地看到，一些地方和領域黨的領導弱化、黨的建設缺失、全面從嚴治黨不力的問題依然存在，少數基層黨組織弱化、虛化、邊緣化的問題比較突出。這就要求我們通過深化黨和國家機構改革，健全黨的機構設置和職能配置，強化黨的組織在同級組織中的領導地位，推動形成黨總攬全局、協調各方的領導體系，確保黨的全面領導落到實處。
強化黨的組織在同級組織中的領導地位，需要理順黨的組織同其他組織的關系。黨章規定，黨的組織包括黨的中央組織、地方組織和基層組織。要根據不同層級和類型黨組織的功能定位，正確處理黨組織與同級其他組織的關系，更好發揮領導作用。黨的中央組織，包括黨的全國代表大會、黨的中央委員會、黨的中央政治局、中央政治局常委會和中央委員會總書記。黨章規定“四個服從”，最根本的是全黨各個組織和全體黨員服從黨的全國代表大會和中央委員會；黨中央強調“四個意識”，最根本的是堅決維護習近平同志黨中央的核心、全黨的核心地位，堅決維護黨中央權威和集中統一領導。全國人大、國務院、全國政協，中央紀律檢查委員會、國家監察委員會，最高人民法院、最高人民檢察院，中央和國家機關各部門，人民軍隊，各人民團體，各地方，各企事業單位、社會組織，其黨組織都要不折不扣執行黨中央決策部署，做到黨中央提倡的堅決響應、黨中央決定的堅決執行、黨中央禁止的堅決不做，堅決防止和反對個人主義、分散主義、自由主義、本位主義，決不允許自行其是、各自為政，決不允許有令不行、有禁不止，決不允許上有政策、下有對策。黨的地方組織，主要是指黨的省、自治區、直轄市，設區的市和自治州，縣（旗）、自治縣、不設區的市和市轄區委員會及其常務委員會，在黨中央領導下開展工作，在本地區發揮總攬全局、協調各方的領導核心作用，對本地區經濟建設、政治建設、文化建設、社會建設、生態文明建設實行全面領導，對本地區黨的建設全面負責。黨的地方委員會應當加強對同級人大、政府、政協等的領導，同級各個組織中的黨組織和領導干部要自覺接受同級黨委領導、向同級黨委負責。黨的基層組織，主要是指在企業、農村、機關、學校、科研院所、街道社區、社會組織、人民解放軍連隊和其他基層單位成立的黨組織，包括基層黨委、黨總支、黨支部等，是黨在社會基層組織中的戰斗堡壘，是黨的全部工作和戰斗力的基礎。黨章在明確黨的基層組織基本任務的基礎上，對不同領域黨的基層組織作出了相應的功能定位。比如，街道、鄉、鎮黨的基層委員會和村、社區黨組織，領導本地區的工作和基層社會治理，支持和保證行政組織、經濟組織和群眾自治組織充分行使職權。黨的基層組織要立足自身功能定位，堅持從實際出發，全面履行黨章賦予的職責任務，正確處理好同其他基層組織的關系，防止簡單化、一刀切。
強化黨的組織在同級組織中的領導地位，需要完善相應的體制機制和制度。制度帶有根本性、全局性、穩定性、長期性。強化黨的組織在同級組織中的領導地位，必須在完善堅持黨的領導的體制機制、健全和落實各項制度上下功夫。一要建立健全黨對重大工作的領導體制機制。加強黨的全面領導，首先要加強黨對涉及全局的重大工作的全面領導。《決定》提出，要優化黨中央決策議事協調機構，負責重大工作的頂層設計、總體布局、統籌協調、整體推進。比如，組建國家監察委員會，就是為了加強黨對反腐敗工作的集中統一領導，實現黨內監督和國家機關監督、黨的紀律檢查和國家監察有機統一，實現對所有行使公權力的公職人員監察全覆蓋。又比如，組建中央全面依法治國委員會，就是為了加強黨中央對法治中國建設的集中統一領導，健全黨領導全面依法治國的制度和工作機制，更好落實全面依法治國基本方略。還比如，組建中央審計委員會，就是為了加強黨中央對審計工作的領導，構建集中統一、全面覆蓋、權威高效的審計監督體系，更好發揮審計監督作用。再比如，為了加強黨中央對涉及黨和國家事業全局的重大工作的集中統一領導，強化決策和統籌協調職責，將中央全面深化改革領導小組、中央網絡安全和信息化領導小組、中央財經領導小組、中央外事工作領導小組分別改為中央全面深化改革委員會、中央網絡安全和信息化委員會、中央財經委員會、中央外事工作委員會，等等。各地區各部門黨委（黨組）也要完善相應體制機制，通過健全決策議事協調機構等途徑，提升協調能力，更好發揮在同級組織中的領導核心作用，確保黨的方針政策和決策部署在同級組織中得到貫徹落實。二要完善以民主集中制為原則的運行機制。這是保證黨組織對同級組織實施正確有效領導的前提和基礎。要堅持集體領導、民主集中、個別醞釀、會議決定，健全黨委（黨組）議事規則和決策程序，重大決策應在調查研究基礎上提出方案，充分聽取各方面意見，進行風險評估和合法合規性審查，實行科學決策、民主決策、依法決策，不斷提高決策質量和水平。三要完善和落實堅持黨的領導的各項制度。這方面，最重要的是完善和落實請示報告制度。請示報告制度是我們黨的一項重要制度，是保證黨的領導的有效工作機制。黨內政治生活準則、地方黨委工作條例、黨組工作條例等都對此作了明確規定，《決定》也作了強調。黨委（黨組）要嚴格執行相關規定，研究涉及全局的重大事項或作出重大決定要及時向上級黨組織請示報告，每年至少向批準其設立的黨組織作一次全面工作情況報告，執行黨中央和上級黨組織某項重要決定的情況應當專題報告，遇有重大突發事件、重大問題應當及時請示報告，情況緊急必須臨機處置的要盡職盡力做好工作并迅速報告。此外，還要完善和落實述職制度，黨委（黨組）書記每年應向上級黨組織述職1次，就堅持“四個意識”、履行全面從嚴治黨責任、貫徹落實黨中央決策部署、推進本職工作、廉潔自律情況作出報告；完善和落實考核制度，批準其設立的黨組織每年要對黨委（黨組）及其成員履職情況進行考核；完善和落實文件備案制度，黨委（黨組）制定規范性文件，要報送批準其設立的黨組織備案。
強化黨的組織在同級組織中的領導地位，需要改進黨的領導方式。在我國政治生活中，黨是居于領導地位的，加強黨的集中統一領導，與保證國家的立法、行政、司法機關以及經濟、文化組織和人民團體積極主動地、獨立負責地、協調一致地工作是統一的。黨的領導主要體現在把方向、謀大局、定政策、促改革上，充分發揮總攬全局、協調各方作用，做到總攬不包攬、協調不取代，充分調動各方面的積極性、主動性、創造性。要適應新時代中國特色社會主義發展的要求，改進黨的領導方式和執政方式，支持人大、政府、政協和監察委員會、法院、檢察院依法依章程履行職能、開展工作。要加強對工會、共青團、婦聯等群團組織的領導，使它們保持和增強政治性、先進性、群眾性，充分發揮作用。要擴大人民有序政治參與，發展社會主義協商民主，落實基層群眾自治制度，保障人民知情權、參與權、表達權、監督權，把保證人民當家作主落實到國家政治生活和社會生活之中。要堅持依法治國基本方略和依法執政基本方式，善于使黨的主張通過法定程序成為國家意志，善于使黨組織推薦的人選通過法定程序成為國家政權機關的領導人員，善于通過國家政權機關實施黨對國家和社會的領導。
強化黨的組織在同級組織中的領導地位，需要加快在新型經濟組織和社會組織中建立健全黨的組織機構。黨的全面領導是建立在嚴密的組織體系基礎之上的，黨的工作進展到哪里，黨的組織就要覆蓋到哪里。擴大黨的組織覆蓋，必須堅持整體推進、重點突破。當前，尤其要重視加強新型經濟組織和社會組織的黨組織建設。隨著經濟社會發展變革，新型經濟組織和社會組織大量涌現。它們類型多樣，涉及領域廣泛，在經濟、政治、文化、社會、生態文明建設等各方面發揮著日益重要的作用，是黨的工作和群眾工作的重要陣地。但相較于傳統領域，其組織形態、運行方式有很大不同，黨組織覆蓋率還比較低，黨組織作用發揮還很不夠，是加強黨的領導和黨的建設迫切需要補齊的短板。針對這一狀況，首先要加大黨組織組建力度，凡是符合單獨組建條件的，要應建盡建；暫不具備單獨組建條件的，要依托商務樓宇、各類園區、商圈市場，發揮鄉鎮、街道和村、社區兜底作用，通過聯合建立黨組織或者選派黨建工作指導員、聯絡員以及建立工會、共青團、婦聯組織等途徑，加強黨的工作。其次，要理順黨組織隸屬關系，完善黨組織管理體制，抓緊建立新型經濟組織和社會組織黨工委，加強統一領導，配強工作力量，確保有人抓、有人管。再次，要以提升組織力為重點、突出政治功能，積極探索新型經濟組織和社會組織黨組織發揮作用的有效途徑和辦法，使之真正成為宣傳黨的主張、貫徹黨的決定、領導基層治理、團結動員群眾、推動改革發展的堅強戰斗堡壘。